农业绿色发展科学是以农业系统为研究对象，以“绿色”与“发展”协同为目标，研究农业全产业链界面物质能量流动及其与粮食安全、资源环境、营养健康关系的科学。主要研究方向包括农业绿色发展多目标协同原理、界面互作与系统耦合、全产业链物质循环与调控。

农业绿色发展多目标协同原理

研究粮食安全、资源高效与环境友好的协同与权衡关系，揭示多目标实现的调控机制与途径。

界面互作与系统耦合

研究植物-土壤-微生物、作物-动物、生产-消费、作物-动物-消费-水土气环境界面互作增效、系统耦合及其调控原理。

全产业链物质循环与调控

研究“土壤-植物-动物-产品-消费”农业全产业链中物质流动与循环、能量代谢规律，建立系统提升的调控途径。