农业绿色发展工程综合运用工程、生物和信息科学原理与技术，研究农业全产业链系统耦合与互作增效相关的工程技术和产业模式，提供与农业绿色发展相关的工程问题的整体解决方案，提高资源利用效率，实现农业生产与自然和谐共生。主要研究方向包括绿色投入品创制与绿色产业、绿色种养循环工程、绿色生态环境工程。

绿色投入品创制与绿色产业

研究绿色智能肥料、高效生物制剂、土壤调理剂等投入品的创制与绿色技术工程。 

绿色种养循环工程

研究基于动物营养需求的作物体系设计与绿色种植工程，基于作物养分需求的畜禽粪污循环利用以及种养系统低碳减排工程。

绿色生态环境工程

发展与应用“源头管控-过程管理-污染修复” 系统农业工程技术，实现物质高效循环利用、最小化环境排放，降低农业全链条生产对环境的影响，实现绿色与发展的协同。